为拓展中小企业利用国际市场资源的外贸渠道、不断提高中小企业参与对外贸易的积极性，促进中心“大统战”格局的形成，管委会依托保税物流中心平台优势，积极拓展网购保税模式跨境电商业务。2016年11月，海关总署科技司批复同意赤峰跨境电子商务项目系统对接方案。目前，中心3500平方米跨境电商监管中心投资建设完成，X光机自动监管分拣系统等设备也安装调试完毕，正在向海关总署申请传输企业ID及配置（DXPID），并积极与海关总署“跨境电子商务进口统一版信息化系统”进行技术对接，8月末，将完成跨境电子商务网站搭建工作。

中心跨境电商业务开展运营后，将大大降低本地中小企业进行外贸活动的准入门槛，进一步促进中小加工制造业转型升级，带动物流、仓储、金融、信息技术等相关产业发展，逐步形成中心非公经济繁荣发展、中小企业茁壮成长的统一战线新局面。